Une analyse en microscopie électronique peut fournir une réponse définitive si l’analyse par microscopie à lumière polarisée ne fournit pas une réponse sans ambiguïté ou si les résultats de l’analyse peuvent être mis en doute sur base d’informations connues par ailleurs (par exemple, l’isolation des chaudières où la couleur de dispersion des fibres peut différer des standards lorsque celles-ci ont subi une chauffe).
Dans ce cas, l’identification est effectuée sur la base d’un spectre caractéristique des éléments qui composent le matériau et où l’on peut vérifier par comparaison des spectres si ceux-ci donnent une composition identique aux standards d’amiante. Ces analyses nécessitent un temps de préparation et d’analyse un peu plus long et sont donc plus longues et plus coûteuses.